Du solltest dir die Videos von Batocera Nation anschauen. Hier wird beispielsweise dein Problem behandelt. Den genauen Link kenne ich gerade nicht mehr, aber es funktioniert , so wie von Dir gewünscht.
Du drückst F1 und verknüpfst die ROMs der externen Platte mit denen in Deiner Bootplatte .
Ich würde Dir aber trotzdem raten einfach auf deine externe Festplatte ebenfalls batocera zu installieren und dann auch von dieser zu booten und zu spielen.
So bekommst Du etwas Ordnung in dein System und könntest zum Beispiel darauf nur Spiele kopieren, die dann mit den passenden Controllern laufen. Ist nur ein Vorschlag, aber wie gesagt : es funktioniert auch so wie Du es magst.