isrmicha eu tenho o mesmo problema no meu Ípega 9021 que comprei ..uso ele no android normalmente..mas no batocera ele conecta por bluetooth, funciona normal no emulationStation e menus ...mas dentro dos jogos parece que não tem controle algum ....
eu acabei desistindo e adquirindo controles de PS3 sem fio no Mercado Livre que eram compatíveis com Raspberry Pi 3 e funcionam bem ...
O que eu posso te indicar é tentar alterar no arquivo de configurações "config.txt" e alterar o driver bluetooth que tem la ...tem varias opções no comentário iniciado com # bluez etc .....
